据调查，1991年，中国约有2700头长江江豚；2006年，数量为1800头；2012年，数量为1045头，其中，长江干流约500头、鄱阳湖约450头、洞庭湖约90头；2017年，长江江豚数量仅剩1012头，其中，干流约为445头，洞庭湖约为110头，鄱阳湖约为457头。

根据农业农村部组织开展的2022年全流域长江江豚科学考察，长江江豚种群数量为1249头，其中，长江干流约595头、鄱阳湖约492头、洞庭湖约162头。与2017年1012头相比，5年数量增加23.42%，年均增长率为4.3%，长江江豚数量有所回升。